A templom freskóit a tiroli származású, itáliai tanultságú, majd Bécsben letelepedő és az Akadémia vezető mestereként számon tartott Paul Troger alkotta. A szentély mennyezetén Szent Ignác lelkének mennybevitele látható, mely színezésében főként velencei mintaképeket követ, plasztikus ereje, sodró lendülete révén viszont Gian Lorenzo Bernini „Theatrum sacrum”-ának festett változata. A mennyezet pillérkötegre lefutó, trapéz alakú mezőiben a négy evangélista figurája jelenik meg. Lukács alakja egyben Troger önarcképe, írótábláján a mester szignójával és 1744-es dátummal.

A hajó feletti dongaboltozatot az „Angyali üdvözlet” jelenete díszíti, mely 1747-ben készült. Az egységes térélményt adó elemeket képszerűen, keretbe vonva látjuk. Troger pasztell, ezüstös tónusvilága ezen a freskón jelenik meg először. Az ívmezőkben a négy nagy ótestamentumi próféta: Jeremiás, Ezékiel, Izaiás és Dániel élénk gesztusú figurái helyezkednek el. Az orgonakarzat felett a Zenélő angyalok ovális kompozíciója látható, melynek keretdísze már rokokó jellegű (1747). A karzat oldalfalaira Troger a valódi ablakokkal azonos, illuzionisztikus ablakokat festett. A déli fal „ablakán” át belső térbe látunk, ahol tárgyak találhatók, csendéletszerű megfogalmazásban. Az északi fal festett ablakának jobb felén középkorú, olvasó férfi alakját látjuk, a másik oldalon hangszereket. A megfogalmazás és fénykezelés a holland zsánerképeket idézi. Fontos a Trogerrel dolgozó architektúrafestőt, Gaetano Fantit megemlíteni, aki eredetileg díszletfestő volt és a Bibbienák hatása alatt állott. Troger másik győri munkatársa Caspar Sambach volt, aki a székesfehérvári jezsuita templom karzatán alkalmazta az ablakban olvasó férfi motívumát (1748). A freskókat övező „architektúrának” szinte pontos mása a győri orsolyiták Schaller István-féle freskóin tűnik majd fel 1762— 64-ben.

Alapítója Acsády Ádám veszprémi püspök volt, erre a főoltárkép keretének záródásán látható címer utal. A főoltár elkészítése 1743-44 között történt. A kép Szent Ignác apoteózisát ábrázolja, melyet Troger 1743-ban Bécsben festett. Az építmény anyaga vörös mészkő, alkotója a győri Götzelmayer János volt. Többszörösen tagolt főpárkánya felett baldachin függ, amely bécsi mesterek munkája. Középen, sugárkoszorús medalionban Szent Pálra utaló idézet olvasható. Balra, kívül Szent Péter alakja látható attribútumaival, belül pedig Szent József Jobbra, a belső oldalon Nepomuki Szent János szobra áll, kívül Szent Pál apostol alakja foglal helyet. Az életnagyságot meghaladó, fából készült, aranyozott figurák alkotója a bécsi Johann Joseph Rössler, aki a pozsonyi Georg Raphael Donner tanítványa volt. Mesterének hatását jól mutatja a főoltár-tabernákulum két adoráló angyalának megfogalmazása. Legfelül az Agnus Dei sugárkoszorú-övezte szoboralakja látható. Eredetileg a főoltárt díszítették Szent László és a koronafelajánló Szent István aranyozott, térdelő szobrai is. Ezek ma a Nagyasszonyunk kápolnáját díszítik.

A szószéket Padányi Bíró Márton veszprémi püspök költségén a Pozsonyban dolgozó Donner-tanítvány, Ludwig Gode készítette 1748-49 között. Mesterének hatása itt erősen kimutatható. A szószéket baldachinszerű, rojtdíszes hangvető koronázza, belső oldalán a Szentlélek galambjával. A szószékkosarat borító két „festői” relief Keresztelő Szent János prédikációját ábrázolja. A mellvéd bal oldalán Mózes szobra látható a kőtáblákkal, jobbra pedig Áron pátriárka, füstölővel. A hátfalon a Jó Pásztor aranyozott domborműve található. A feljáró oldalának reliefjei a nyugati egyházatyákat, Szent Jeromost, Szent Ágostont, Szent Ambrust és Nagy Szent Gergelyt ábrázolják.

Az oltárt a vár német helyőrsége állíttatta 1642-ben. A középképen a „Győztes Immaculata” ikonográfiai típus első ábrázolása látható a török feletti győztes lepantói tengeri csata jelenete fölött. A Madonna jobbjában a dicsőség pálmaágát, baljával a kis Jézust tartja, aki hosszú szárú keresztjével döfi át a kígyót. Egy-egy angyal kíséri őket, írásszalagjukon „PATRONA MILITUM TUTELA PRAESIDII” (katonák patrónája, védők oltalma) felirattal. Balra a háttérben Jézus látható Mária, Péter és Pál társaságában. Az oltárképtől balra Szent Longinus, jobbra Szent György aranyozott szobra áll. Az oromképen a „Keresztények Segítsége”, Mária trónol felhőkön, az előtérben várostrom és imádkozó vitéz (valószínűleg a pamplonai erőd és Loyolai Szent Ignác) alakjával. Kétoldalt Szent Mór és Donát katonaszentek, az oromzat csúcsán pedig Mihály arkangyal szobrai láthatók.

A félköríves záródású középképen balra Szent Gellért püspök látható, mellette Szent Adalbert püspök. A két szent a Patrona Hungariae képével es nevével díszített ovális pajzsot maga elé tartva fogja fel az előtér török seregének nyilait. Jobbra Szent László és a liliomot tartó Szent Imre látható, akik az előzőkhöz hasonló pajzsot tartanak. A kompozíció forrásául Pázmány Péter „Isteni Igazságra Vezérlő Kalauz”-ának rézmetszésű címlapja szolgált. Jobbra fent Szent István koronafelajánlását látjuk. Az oltárképtől balra Nagy Szent Gergely, jobbra Szent Ambrus egyházatyák állnak. Az oromképen Szent Mihály arkangyal lángpallosával a sátánra es az előtérben látható, tévtanokat megtestesítő törökök és protestáns hittudósok csoportjára sújt. Az oromkép csúcsán Szent Ignác, baloldalán Szent Jeromos, jobb felén Szent Ágoston aranyozott szobrai láthatók. Az oltár donátora Péchy Ferenc nemesúr volt (1642).

A klasszicizáló késő barokk márványoltár, mely Giacomo Adami műve 1802-ből, eredetileg a pannonhalmi főapátság számára készült, Győrbe a 19. század második felében hozták. Egykor itt a Szent Pál-oltár állott. Az oltárképen Szent István koronafelajánlása, fölötte koronát tartó angyalok, az oromzati párkányon pedig Gábriel arkangyal térdelő szobra látható.

Az oltár középképe Saul megtérését ábrázolja, ismeretlen magyar festő alkotása. Előképe Laurent La Hyra oltárképe volt, mely a párizsi Notre Dame Szent Anna-kápolnájában található (1637). Közvetlen mintájául azonban a festő sajátkezű, a budapesti Szépművészeti Múzeum tulajdonában lévő rézkarc szolgált. A lováról vakon lebukó Saul és a felhők közt megjelenő Krisztus kapcsolatát didaktikus módon teremti meg a közöttük feszülő „Saule, Saule, quid me persequeris” (Saul, Saul, miért üldözöl engem) feliratú sugárnyaláb. A háttér zászlóvivő lovasa magyar öltözetű, mögötte Győr látképe. A kép mellett a főapostolok. Az oromképen a lovon ülő László király látható, aki pallosával turbános, pogány alakokra sújt, az oromzati párkány bal oldalán Timóteus, jobbra Titus püspök aranyozott szobrai állnak. Az oromzat csúcsán Mária szobra található a kis Jézussal. Az új stipes előlapját Mattioni Eszter márványinkrusztációja díszíti.

Az eredetileg Xavéri Szent Ferenc tiszteletére szentelt Missziós kápolna mennyezeti stukkódíszítésének alkotója ugyanaz az olasz stukkóműves kolónia, amely a rendházban is tevékenykedett. A szent térítő tevékenységére utaló középképet és a sarkok grisaille-kompozícióit finoman rajzos, dekoratív inda- és virágdísz borítja el. Ezt a sarkokon kagylók és angyalfejek plasztikus elemei ellensúlyozzák. Ez a dekoratív, rajzos karakterű stukkódísz 1670-90 táján készült és a rendház refektóriumának mennyezetén is feltűnik.

A Rozália megdicsőülését ábrázoló oltárkép ismeretlen olasz mester műve 1643-ból. A kép bal oldalán a másik két pestisszent: Rókus es Sebestyén jelenik meg. Fent mondatszalagokon „Veni Rosalia sponsa Christi, veni coronaberis” (Jöjj Rozália, Krisztus jegyese, jöjj, hogy megkoronáztassál) felirat olvasható. A képet balról Máté, jobbról Márk evangélista szobrai kísérik, az oromképen Keresztelő Szent János prédikációját látjuk, amely Medvey Lajos műve 1948-ból. A kép baloldalán Lukács, jobbra János evangélista szobrai állnak. Az oltár donátora Virgilio Beccaria kereskedő volt.

Az Őrangyal-kápolnában a Szent Rozália életét bemutató kvalitásos, manierista jellegű falfestményeket dús, naturalisztikus karakterű ornamentika övezi, amely voluták, visszahajló akantuszlevelek, gyümölcsökkel és virágokkal teli vázák, rózsa- és drapériadíszek, angyalfejek gazdag együttese. Ezek a díszítések 1650 körül készültek, és a rendházi lépcsőház és a patika mennyezeti stukkódíszeivel rokonok. A többi kápolna díszítése is e típusba tartozik, a Missziós kápolna kivételével.

Az adományozó Leonies György volt, aki az oltárt 1656-ban emeltette a törökellenes harcok segítőszentje (s egyben saját védőszentje) számára. A manierista stílusú középképen a fehér lovon Sárkányölő Szent György látható. Az oromképen a Szentháromság ábrázolását láthatjuk, ezt balról Szent Borbála, jobbról Alexandriai Szent Katalin szobrai kísérik. A kvalitásos németalföldi, késő reneszánsz jellegű oltárépítmény (retabló) fő díszei a gyöngysordíszes oszlopok, valamint a jellegzetes angyalfejes es ún. „porcdíszes” szárnyornamensek.