A Magyar Bencés Kongregációnak négy önálló monostora van: a Pannonhalmi Szent Márton Főapátság, a São Paulói Szent Gellért Apátság, a tihanyi Szent Ányos Apátság és a győri Szent Mór Perjelség.
Pannonhalma függő házai: a Bakonybéli Apátság, a budapesti és a komáromi (Szlovákia) rendház. Bakonybél függő perjelségként működik: elöljáróját a pannonhalmi főapát nevezi ki, és rendelkezik növendékfelvételi joggal.

A főmonostor szerzetesei a Pannonhalmi Bencés Gimnáziumban végeznek oktató-nevelő munkát, és a Területi Apátság településein (15 plébánia) lelkipásztorkodnak. A oktató-nevelő munka, a pasztorális tevékenység, és a „kulturális misszió” anyagi feltételeinek biztosítására a főmonostor – az idegenforgalmon kívül – bortermeléssel, gyógynövény termesztéssel, gyógyhatású párlatok készítésével foglalkozik, egyúttal megismertetve a világgal évszázadok bencés hagyományait.
Bakonybél szerzetesközössége az ősi benedeki és a Szent Benedek előtti monasztikus karizma megélésére törekszik a Szent Liturgia igényes szolgálata, a lectio divina és a kétkezi munka által.
Tihany szerzetesei a községben és a környező településeken lelkipásztori munkát végeznek, az Apátság sok kulturális programnak (kiállítások, hangversenyek, találkozók) és konferenciának ad helyet. A monostor mellett 40 fős vendégház található, ahová egész évben érkeznek lelkigyakorlatos csoportok, konferenciák résztvevői, és egyéb zarándokcsoportok.
A győri perjelség szerzetesei a Czuczor Gergely Bencés Gimnáziumot és Kollégiumot látják el, illetve a Szent Ignác bencés templomban és a Területi Apátság plébániáin lelkipásztori munkát végeznek.
A budapesti rendházban élnek a tanulmányaikat a fővárosban folytató szerzetesnövendékek, továbbá az ott élők lelkipásztori munkát végeznek. A rendház mellett található a Szent Szabina Kápolna.
A Szent Gellért Apátság alapító szerzetesei az 1931-től a Brazíliában élő magyar katolikus lelki és szellemi gondozására érkezett bencések voltak, ma már a közösség nagy része brazil származású. Az apátsághoz gimnázium is tartozik. Tanulmányi házuk van Itapesericában (Cela São José).
A Magyar Bencés Kongregáció tagja a Tiszaújfalun működő Szent Benedek Leányai Társaság (Pannonhalmán is élnek nővérek), amely az 1920-es évek végén alakult Berecz Erzsébet Skolasztika celldömölki tanítónő vezetésével, az Alföld lelki-szellemi ínségének enyhítésére. Lelkipásztori kisegítést, hitoktatást, szociális munkát, és megélhetésük érdekében komoly fizikai munkát végeznek.